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Les produits phytosanitaires sont, avec les engrais, les principales sources de pollution des eaux superficielles et souterraines par le secteur agricole. En France métropolitaine, en 2007, on détecte des pesticides dans 91% des stations de mesure en eau superficielle et 59% en eau souterraine (données SOeS, 2010).
Afin de répondre à la fois aux exigences de la Directive Cadre sur l'Eau -qui prévoit d'atteindre d'ici 2015 un bon état écologique et chimique pour les eaux souterraines et superficielles - et aux orientations du Grenelle de l'environnement, la France s'engage à réduire l'utilisation des pesticides d'une manière compatible avec la performance économique des exploitations. Elle doit donc disposer d'indicateurs pour accompagner les agriculteurs dans leur changement de pratiques et visualiser les progrès accomplis.
En 2006, une étude conjointe du Ministère en charge de l'agriculture et de l'INRA, inspirée de travaux danois, a posé les bases d'un indicateur de fréquence de traitements phytosanitaires (IFT) qui permet de suivre l'évolution de la consommation de pesticides. Cet IFT comptabilise le nombre de doses homologuées utilisées sur un hectare au cours d'une campagne. Cet indicateur peut être calculé pour un ensemble de parcelles, une exploitation ou un territoire. Il peut également être décliné par grandes catégorie de produits (herbicides ou autres produits).
Dans le cadre du plan Ecophyto 2018, le suivi global national de l'évolution de l'utilisation des produits phytopharmaceutiques est réalisé par l'indicateur NODU (ou nombre de doses unités). Sur le terrain, d'autres outils tels que l'indicateur de fréquence de traitement (IFT) sont mobilisés pour accompagner les agriculteurs dans leur changement de pratiques et effectuer un suivi territorialisé par type de culture. L'IFT est ainsi utilisé dans le cadre du réseau DEPHY Ecophyto, un dispositif d'acquisition de références, de démonstration et d'expérimentation sur les systèmes de culture économes en produits phytosanitaires qui a été lancé en 2010 et qui s'appuie sur des groupes de fermes et de sites d'expérimentation.
Par ailleurs, le programme de développement rural hexagonal (PDRH, 2007-2013) offre la possibilité de construire des mesures agro-environnementales territorialisées (MAET), afin de répondre de façon adaptée à des menaces localisées sur l'environnement, notamment dans les bassins prioritaires définis au titre de la Directive cadre sur l'eau. Les MAET sont définies par combinaison de différents « engagements unitaires » précisés dans le PDRH. Plusieurs "engagements unitaires" portant sur la réduction progressive de l'utilisation de produits phytosanitaires sont proposés. Trois sont fondés sur la comparaison entre un IFT de référence, calculé à l'échelle du territoire de projet, et l'IFT réalisé sur chaque exploitation engagée dans la mesure. Chacun d'entre eux est décliné en deux niveaux de réduction.